Het is 1938 en in het zojuist geopende Kröller-Möller Museum gebeuren mysterieuze dingen. Een vreemd uitziende jongen dwaalt door het museum en staat soms urenlang bij een schilderij. Heel stil en heel dichtbij. Alsof hij ergens naar op zoek is. Maar waarom zegt hij niets? En waarom loopt hij steeds weg als hij aangesproken wordt? De directrice van het museum, Helene Kröller-Möller, staat voor een raadsel. Als een suppoost met eigen ogen ziet hoe de jongen in één van haar kostbare schilderijen verdwijnt, roept ze de hulp in van haar achter-achter-achterkleinzoon Willem. Maar of Willem na zoveel jaren haar geheim nog kan ontrafelen?

'Het geheim van Helene' gaat over Helene Kröller-Möller en haar bijzondere schilderijencollectie.
Het verhaal is gebaseerd op historische gebeurtenissen en de ontstaansgeschiedenis van het Kröller-Möller Museum.